Wir haben hier 20+ Macs mit El Capitan, da läuft überall Apple's SIP drauf

und es gibt 0 (null) Probleme damit. Sowohl Default Folder X las auch die o.b. Funktion des DnD von Dateien auf beliebige Programme funktionieren tadellos.

Ich vermute Reste von Tools, die Schreibrechte auf Systemdateien haben oder Prozessen verleihen.

Leg Dir mal einen neuen User an und versuchs nochmal. Ansonsten wirst du um eine "frische" Neuinstallation des OS wohl nicht herumkommen.