Möglicher Grund für die leeren Seiten nach der Konvertierung ins rw6-Format:

Du hast das alte Projekt vor der Konvertierung nach rw6 nicht mit RW 5.4 zwischengespeichert. Der Fehler wird recht häufig gemacht.

Damit dass Ressourcen von RW 5.4 unter El Capitan nicht gefunden werden, hat mit dem von dir vermuteten Fehler nichts zu tun, das muss einen anderen Grund haben.

Die "unable to export"-Meldung könnte damit zu tun haben, dass du ein Plugin nutzt, das unter RW6 nicht mehr funktioniert.