Apple Lossless (ALAC) wird inzwischen relativ breit unterstützt und ist dank Lossless

das bevorzugte Format für ultimative Qualität. Etwas verbreiteter dürfte trotzdem AAC in mp4 sein. Mit 256 kbits/s (oder mehr) AAC ist man auf der sicheren Seite. Wer absolute Kompatibilität zu Toaster und Kühlschrank ohne großartige Qualitätsabstriche garantieren möchte, verwendet weiterhin mp3 mit ähnlicher Bitrate.

Im Zweifel würde ich eine CD Sammlung erstmal in Apple Lossless importieren. "Kleiner" machen kann später immer noch, "größer" jedoch nicht.