iBooks synchronisiert keine Bücher, diese musst Du irgendwie anders übertragen.

Nur Metadaten wie Lesezeichen oder Sammlungen stehen überall zur Verfügung (und natürlich iTunes-Einkäufe; aber die werden auch nur beim Kauf auf Deine anderen Geräten geladen, sofern der automatische Download aktiviert ist).

Sowas wie iTunes Match für iBooks gibt es nicht.