Ich teile Deine Theorie, dass der mini mit zwar angeschlossenen, aber stromlosen USB-HDs nicht klarkommt. Ähnliches hab ich auch schon…

… beobachten können, auch an einem Mac mini. Ich meine mich zu erinnern, dass in Mavericks da was verändert wurde.

Ich wüsste auch keine treffsichere Idee, um mit Terminal-Voodoo den mini wieder gefügig zu machen, außer vielleicht hibernatemode 3... schon mal probiert? Wie verhält sich der Mac mini in dem geschilderten Szenario, wenn Du von 25 (Hibernation) auf 3 (Safe Sleep) wechselst? Und: Hast Du einen Strommesser dran? Würd mich interessieren, ob der im Safe Sleep messbar mehr Strom verbraucht (da ja der RAM weiter versorgt wird).