In dem Artikel
http://www.macissues.com/2014/12/16/fix-your-mac-stuck-on-encrypting-with-filevault/

geht es zwar um das Boot Volume sollte aber auch für Deine externe Platte gehen.

Also Platte unmounten, neu mounten, Passwort eingeben, dann Festplattendienstprogramm drüber laufen/reparieren lassen, unmounten, mounten und es sollte weitergehen.