Die Aufnahme wurde ja schon vom OnlineTV-Recorder umkodiert und dann in einen üblen .avi-Container gepackt. Bild und Ton laufen dort oft auseinander, die schwarzen Frames sind sicher auf den Resync zurückzuführen.
MPEG Streamclip besitzt keinen MPEG2-Encoder, selbst der Decoder ist extern.
Du könntest es mit iDVD versuchen, aber das Ergebnis ist dort sicher deutlich schlechter, da iDVD den Ton unkomprimiert lässt und somit viel weniger Platz für das Bild bleibt.
Ansonsten gibt es noch Compressor oder z.B. BitVice, aber die sind beide kostenpflichtig.