Vielleicht eine der ab und zu stattfindenden Inkonsistenzen in der Timemachine?

So ein Festplattentausch ist bei Timemchine auch nicht ganz unkritisch und womöglich hat es dir jetzt dein Backup zerlegt.
Das passiert sowieso ab und an bei Timemachine und dann heisst es meist, Backup löschen und ein ganz neues anlegen.