Bei iCloud hat _immer_ der Server das letzte Wort.
Da Dein Lesezeichen-Backup älter ist als die Version auf dem Server wird sie natürlich wieder mit den iCloud-Daten überschrieben.
Du müßtest aber die alte Bookmarks.plist in Safari importieren und dann die fehlenden Ordner wieder an den richtigen Ort verschieben können.
Du müßtest aber die alte Bookmarks.plist in Safari importieren und dann die fehlenden Ordner wieder an den richtigen Ort verschieben können.