Normalerweise ist sowas nur mit unterschiedl. Programmversionen möglich.

Ist ein Icon eines Programms im Dock kann es kein zweitesmal hinzugefügt werden.
Ist es viell. eine alte Version eines Programms, wenn du das immer wieder hast?
Ansonsten könntest du das Dock mal komplett resetten. Dann ist aber alles vom Dock weg.
In deinem User Ordner /Library/Preferences alles mit "com.apple.dock...." mal raus. (Kannst es ja mal nur irgendwo hinverschieben, man muss es ja nicht gleich löschen) und schaun ob das dann wieder auftritt.