Solange das verwendete (Netzwerk-)Dateisystem Extended Attributes unterstützt, sollten die Tags auch …

… gespeichert werden. Für AFP und SMB müßte das in der Regel funktionieren.

Was allerdings ein Problem darstellt ist die nicht vorhandene Netzlaufwerk-Unterstüzung von Spotlight – davon hängt auch der Tag-Zugriff über die Seitenleiste im Finder ab. Es kann also durchaus sein, dass auf Deiner NAS-Freigabe die Dateien die korrekten Tags haben, diese aber im Finder nicht sichtbar sind.